Gérer la facturation de plusieurs entreprises

Les profils qui facturent pour plusieurs entreprises sont variés : un cabinet comptable qui établit les factures de certains clients, une holding qui gère la facturation de ses filiales, un dirigeant à la tête de deux ou trois sociétés, un réseau ou un organisme qui accompagne ses membres. Les organismes de gestion agréés, qui ont perdu leur agrément fiscal et leurs missions légales avec la loi de finances pour 2025, réfléchissent eux aussi à ce type de service.

Le principe est le même pour tous : chaque entreprise est un émetteur distinct. Elle a son SIREN, sa numérotation, ses clients, sa TVA et ses obligations de conservation. Partager un outil ou une équipe ne doit jamais conduire à partager ces éléments. Les holdings trouveront les points propres à leur situation sur la page facturation électronique des holdings.

Cinq éléments doivent rester propres à chaque entreprise, quel que soit l'outil utilisé :

Ce cloisonnement n'est pas une précaution de forme. C'est lui qui permet de répondre à un contrôle, de transmettre un dossier lors d'une cession ou de passer le relais à un autre gestionnaire sans reconstituer l'historique.

Gérer plusieurs entreprises suppose deux niveaux d'autorisation : le cadre juridique, qui dit au nom de qui vous facturez, et les droits dans l'outil, qui disent qui peut faire quoi.

Sur le plan juridique, un tiers peut établir les factures d'une entreprise en son nom et pour son compte s'il a reçu un mandat préalable (article 289, I-2 du CGI). Aucun formalisme n'est imposé, mais il faut pouvoir le prouver : un écrit par entreprise, précisant le périmètre et la procédure d'acceptation des factures, s'impose en pratique. L'entreprise reste responsable de ses factures et de sa TVA. Le guide mandat de facturation détaille son contenu.

• Attribuez les accès entreprise par entreprise, jamais à tout le parc par défaut.
• Séparez, quand l'équipe le permet, la personne qui prépare et celle qui contrôle.
• Retirez les accès le jour où un collaborateur quitte un dossier.
• Donnez à chaque dirigeant une vue sur ses propres factures, sans accès à celles des autres entreprises.

Dans SHAU Factur, les mandats sont préparés dans l'application et signés en ligne par le dirigeant. Le cabinet peut ouvrir à chaque entreprise un espace en lecture seule où elle retrouve ses factures émises et reçues, ses devis et ses mandats. Côté cabinet, chaque collaborateur a son propre accès : un opérateur ne voit que les entreprises qu'on lui confie, prépare leurs factures et ne les émet que si on lui en donne le droit ; un contrôleur consulte sans rien modifier.

Sans calendrier, la facturation de plusieurs entreprises glisse vers l'urgence permanente. Fixez pour chaque entreprise ses dates de facturation (fin de mois, échéances de contrat, étapes de projet), puis regroupez celles qui partagent le même cycle en lots traités ensemble. Pour chaque lot, la même routine :

1. Sélectionner l'entreprise et vérifier que c'est bien elle qui est active.
2. Préparer les factures à partir des contrats, des devis signés ou des relevés d'activité.
3. Contrôler avant émission, selon la liste ci-dessous.
4. Émettre, puis vérifier que chaque facture est bien archivée.
5. Produire les exports et les classer dans le dossier de l'entreprise.
6. Suivre les encaissements et lancer les relances.

Au-delà de quelques entreprises, la mémoire ne suffit plus. Un point régulier sur quelques indicateurs simples permet de repérer les dossiers qui décrochent :

• factures émises par entreprise sur la période, comparées au rythme habituel ;
• brouillons et devis en attente depuis plusieurs jours ;
• factures échues non réglées et relances en cours ;
• factures fournisseurs reçues et pas encore traitées ;
• mandats à faire signer ou à mettre à jour ;
• entreprises sans aucune activité, à vérifier avec leur dirigeant.

Chaque entreprise du parc doit avoir un responsable nommé. Dans l'offre Cabinet de SHAU Factur, un tableau de bord du parc rassemble ces informations et un relevé mensuel du parc complète ce suivi ; les relances automatiques prennent en charge les factures échues.

L'outil et le temps passé ont un coût, qu'il faut répartir entre les entreprises servies. Trois approches coexistent :

• Inclure le coût dans des honoraires ou une convention globale, ce qui suppose de le connaître précisément.
• Refacturer à l'identique la part de l'outil propre à chaque entreprise, sur une ligne distincte.
• Forfaitiser un service de facturation qui comprend l'outil, le temps et le contrôle.

Dans tous les cas, la refacturation est une facture comme une autre, émise par le cabinet ou la holding dans sa propre numérotation et prévue par la lettre de mission ou la convention qui lie les parties. Une répartition lisible des coûts par entreprise évite les discussions en fin d'année.

L'offre Cabinet de SHAU Factur est facturée au siège, avec un tarif dégressif, et son tableau de bord répartit les coûts par entreprise pour faciliter la refacturation. Le détail figure sur la page tarifs, et le simulateur permet d'estimer le coût d'un parc.

• Émettre depuis la mauvaise entreprise, faute d'avoir vérifié la société active.
• Dupliquer une facture d'une société à l'autre en oubliant de changer les coordonnées bancaires ou les mentions.
• Supprimer une facture émise au lieu d'émettre un avoir, ce qui rompt la continuité de la numérotation.
• Facturer sans mandat écrit pour une entreprise tierce, ou avec un mandat dont le périmètre ne couvre pas la facture.
• Laisser des fiches clients incomplètes, sans SIREN ni catégorie d'opération, alors que ces mentions sont désormais attendues.
• Mélanger les exports de plusieurs entreprises dans un même fichier comptable.
• Oublier les factures reçues : chaque entreprise assujettie doit pouvoir recevoir ses factures fournisseurs par une Plateforme Agréée depuis le 1er septembre 2026.

Un tableur et des modèles de documents tiennent tant que l'on gère deux entreprises et peu de factures. Ils montrent vite leurs limites : numérotation tenue à la main, aucun fichier Factur-X, aucune réception structurée, archives dispersées. Pour un parc, cherchez plutôt un outil qui réunit :

• plusieurs entreprises dans un seul compte, avec l'entreprise active toujours visible ;
• un cloisonnement natif de la numérotation, de l'identité, des archives et des exports ;
• des factures au format Factur-X et la réception des factures fournisseurs ;
• des mandats et des droits gérés entreprise par entreprise ;
• une vue d'ensemble du parc et une répartition des coûts.

C'est la logique de l'offre Cabinet de SHAU Factur, que la visite vidéo présente pas à pas, avec devis signés en ligne, relances automatiques et exports comptables. SHAU Factur n'est pas une Plateforme Agréée : il s'appuie sur une Plateforme Agréée immatriculée. Les factures émises pour les entreprises gérées partent par la connexion du cabinet à la plateforme, au titre de leur mandat vérifié par celle-ci . Si le cabinet l'active, l'entreprise valide elle-même chaque facture avant son émission. Le parcours est détaillé sur la page facturation sous mandat.

Si vous accompagnez des entreprises à titre professionnel, les pages consacrées aux cabinets comptables et aux organismes de gestion détaillent les usages propres à chaque métier. Le programme partenaires, qui vient d'ouvrir, permet en outre de publier une fiche dans un annuaire public destiné aux entreprises qui cherchent un accompagnement.